Монастырь располагался в юго-западных окрестностях Новгорода на правом берегу реки Веряжи, у моста через нее (отсюда и название местности «Мостищи»). Рядом проходила Большая дорога на Псков.
Монастырь основан в 1412 году при архиепископе Иоанне. Тогда же поставлена деревянная церковь Николая Чудотворца.
В 1448 г. на месте деревянного возводится каменный храм. Это четырехстолпная одноапсидная одноглавая церковь по типологии схожая с сохранившимися церквями Двенадцати Апостолов или Симеона Богоприимца.
Мостищенский Никольский монастырь пострадал в период Смуты начала XVII в., и, видимо, больше не возобновлялся. По Описи 1617 года единственная сохранившаяся от комплекса каменная Никольская церковь стояла разоренная. Церковь разобрана в том же XVII веке. Сам монастырь упразднен в XVIII веке.
В 1791 году на месте бывшего монастыря, южнее разобранной каменной церкви, была построена новая деревянная приходская церковь Николы, которая просуществовала до Второй мировой войны.
В 2000-х годах археологическими раскопками под руководством В. А. Булкина и И. В. Антипова обнаружены основания каменного храма 1448 года. На поверхности проведена выкладка контуров Никольской церкви, установлен памятный крест.
Иллюстрации: место бывшего монастыря на современной карте; план бывшего монастыря 1830 г.; современная реконструкция плана Никольской церкви вблизи Псковской дороги
